System działa bez jakichkolwiek problemów, każdy adres jest przerabiany i nie ma możliwości pominięcia. Myślę że trzeba szukać winy na zewnątrz:
Po pierwsze, sprawdź, czy na stronie nie masz blokowanego google. czasem robi się jakieś blokady i przypadkiem wytnie Google. Oczywiście sprawdź htaccess, meta dla robotów i robots.txt.
Po drugie upewnij się, czy strona czasem nie zdążyła wpaść i wypaść z indeksu.
Możliwe jest, że Google nie chce Twojej strony w indeksie. Żeby się o tym upewnić wejdź na konto google.pl/addurl i spróbuj dodać ten adres. Jeśli się nie pojawi w indeksie, to albo masz blokowanego bota (możesz zweryfikować to dodając stronę do GSC), albo G nie chce tego zaindeksować (powody mogą być przeróżne, kto tam wie co G sobie myśli).
Jeśli pojawi się w indeksie, to znaczy, że z jakichś powodów podczas zgłaszania adresu strona mogła być tymczasowo niedostępna.
Bajka by była, gdybyś miał dostęp do logów i mógł sprawdzić czy bot dotarł do Twojej strony po zgłoszeniu adresu. Jeśli nie, to znaczyłoby, że Google nie jest zainteresowany tą domeną/subdomeną lub jak wyżej - strona mogła być czasowo niedostępna (choć nie robiłem testów, czy Google próbuje kolejny raz za jakiś czas taką stronę odwiedzić).